Fen Bilimleri Enstitüsü; 1 Mart 2006 tarih ve 5467 sayılı kanunla, 17 Mart 2006 tarih ve 26111 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe giren Adıyaman Üniversitesi’nin kuruluş kanunu ile birlikte kurulmuştur.

Adıyaman Üniversitesi Lisansüstü Eğitim-Öğretim Yönetmeliği, 12 Aralık 2007 tarih ve 26728 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe girmiş olup, bu yönetmelik çerçevesinde Enstitümüz bünyesindeki Anabilim Dallarına Yüksek Lisans ve Doktora öğrencisi alınması hedeflenmiştir.

Adıyaman Üniversitesi Senatosu’nun Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde; Matematik, Fizik, Kimya Yüksek Lisans Programları ile İlköğretim Anabilim Dalı bünyesinde Matematik Eğitimi ve Fen Bilgisi Eğitimi Yüksek Lisans Programlarının açılması teklifi Yükseköğretim Genel Kurul Toplantısında incelenerek uygun görülmüş olup, söz konusu Yüksek Lisans Programlarına öğrenci alımı gerçekleştirilmiştir.